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基因数据处理44之cloud-scale-bwamem安装
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：152
cloud-scale-bwamem是在spark等云环境上实现bwa-mem算法，加速对全基因组匹配的处理 1.下载： git clone https://github.com/ytchen0323/cloud-scale-bwamem.git 2.编译： mvn clean package 3.编译成功： [INFO] ---------------------------------------[详细]
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基因数据处理50之cs-bwamem、bwa、snap、bwa-mem与art比较
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：92
副标题#e# 直接看结果： （1）art仿真数据： hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ cat G38L100c50Nhs20.aln ##ART_Illumina read_length 100@CM art_illumina -ss HS20 -i GRCH38chr1L3556522.fna -l 100 -c 50 -o G38L100c50Nhs20[详细]
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基因数据处理45之cloud-scale-bwamem安装（compile.pl安装有问题
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：156
脚本： hadoop@Master:~/xubo/tools/cloud-scale-bwamem$ cat compile.pl #! /usr/bin/perlsystem "mvn clean package";chdir "./src";system "mvn package -PotherOutputDir";chdir "./main/jni_fpga";system "mvn package -PotherOutputDir";chdir "../a[详细]
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基因数据处理47之ART基因序列数据生成器（仿真）
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：187
1.概念： ART基因序列数据生成器 详细请见论文：【1】 和官网【2】 2.下载： ART-bin-GreatSmokyMountains-04.17.16-Linux64.tgz http://www.niehs.nih.gov/research/resources/assets/docs/artbingreatsmokymountains041716linux64tgz.tgz 3.配置 sudo cp[详细]
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基因数据处理49之cloud-scale-bwamem运行成功
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：199
副标题#e# 1.先使用art生成数据： 请看前一篇 2.上传fastq到hdfs： hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ spark-submit --class cs.ucla.edu.bwaspark.BWAMEMSpark --master local[2] /home/hadoop/xubo/tools/cloud-scale-bwamem-0.[详细]
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基因数据处理48之ART使用实例
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：81
副标题#e# 相关参数请见上一篇 1.使用实例1： hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ art_illumina -ss HS20 -i GRCH38chr1L3556522.fna -l 100 -f 20 -o G38L100F20Nhs20 ====================ART==================== ART_Illumina[详细]
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求0至大数之间的随机数
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：54
题目：给定一个String类型的大数(非负整数)，不能直接转化为Integer，类似如下要求 The numbers can be arbitrarily large and are non-negative. Converting the input string to integer is?NOT?allowed. You should?NOT?use internal library such as?B[详细]
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基因数据处理26之avocado运行snap-basic有问题
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：120
hadoop@Master:~/xubo/data/testTools/se$ avocado-submit /xubo/avocado/hs2.fq /xubo/avocado/hs38DH.fa /xubo/avocado/test20160527NUMhs2snap /home/hadoop/xubo/data/testTools/se/snap-basic.propertiesUsing SPARK_SUBMIT=/home/hadoop/cloud/spark[详细]
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工具 | R高效数据处理包dplyr和data.table，你选哪个？
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：118
副标题#e# dplyr和data.table是R的两个高效数据处理包，这两个包有它们各自的优点。dplyr包的语法更加优雅，提供了更易于人类所能理解的自然语言。data.table包的语法简洁，并且只需一行代码就可以完成很多事情。进一步地，data.table在某些情况下执行效率[详细]
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如何挖掘大数据“钻石矿”? 李克强绘四大路径
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：179
副标题#e# 中新社 刘震 摄 有人将大数据比喻为“21世纪的钻石矿”。如何在新一轮信息化潮流中抢得先机，掘得富矿？中国国务院总理李克强25日在中国大数据产业峰会暨中国电子商务创新发展峰会(以下简称：数博会)上发表致辞时，为此描绘出四大清晰路径。 路径[详细]
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WindowsXP SP3 AFD.sys 本地拒绝服务漏洞的挖掘过程
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：138
标 题: WindowsXP SP3 AFD.sys 本地拒绝服务漏洞的挖掘过程 时 间: 2013-03-17,15:22:33 这是本人第一次做漏洞挖掘，2月的时候开始研究漏洞挖掘技术，2月24号那天在进行Fuzz测试的时候偶然的发现了一个afd.sys未处理的异常，然后就对这个异常如获至宝的分[详细]
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520我与大数据有个约会——上海大数据创新应用论坛完美落幕
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：157
副标题#e# 2016年5月20日周五下午，由上海市大数据联盟牵头，慧与(中国)有限公司、联通小沃科技与华院数据共同承办，来自金融服务业、运营商、零售及电商、制造等行业的大数据应用先行者们为各行各业170余位来宾们打开了一扇通向大数据应用落地彼岸的智慧之[详细]
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基因数据处理31之avocado运行avocado-cli中的avocado问题3-变异
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：94
读入的read为： val fqFile = "hs38DHSE1L100F1.sam" 读取结果： cleanedReads.count:1{"readNum": 0,"contig": {"contigName": "chrUn_KN707963v1_decoy","contigLength": 62955,"contigMD5": null,"referenceURL": null,"assembly": null,"species": nul[详细]
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基因数据处理32之Avocado运行记录(人造数据集)
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：96
副标题#e# 主要是需要数据正确，如果中间缺少记录，avocado一般不会成功 1.代码： Avocado修改： /** * Licensed to Big Data Genomics (BDG) under one * or more contributor license agreements. See the NOTICE file * distributed with this work for[详细]
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基因数据处理30之avocado运行avocado-cli中的avocado问题1和2
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：69
问题1： avocado中的run方法中： println("stats.coverage:" + stats.coverage) 调用的是： lazy val coverage = ComputingCoverage.time { ScoreCoverage(inputDataset) } 然后报错： Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedOperationExceptio[详细]
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基因数据处理33之Avocado运行记录(参考基因组)
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：67
1.数据下载： avocaodo的test resource中 2.预处理： cat Homo_sapiens_assembly19.fasta | grep -i -n '' Homo_sapiens_assembly19Head.txt cat Homo_sapiens_assembly19Head.txt cat Homo_sapiens_assembly19.fasta | head -34770016 |tail -787820 Homo[详细]
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nyoj 28 大数阶乘
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：185
大数阶乘 时间限制： 3000?ms ?|? 内存限制： 65535?KB 难度： 3 描述 我们都知道如何计算一个数的阶乘，可是，如果这个数很大呢，我们该如何去计算它并输出它？ 输入 输入一个整数m(0m=5000) 输出 输出m的阶乘，并在输出结束之后输入一个换行符 样例输入[详细]
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PrefixSpan序列模式挖掘算法
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-05 热度：168
介绍 与GSP一样，PrefixSpan算法也是序列模式分析算法的一种，不过与前者不同的是PrefixSpan算法不产生任何的侯选集，在这点上可以说已经比GSP好很多了。PrefixSpan算法可以挖掘出满足阈值的所有序列模式，可以说是非常经典的算法。序列的格式就是上文中提[详细]
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大数据分析查询引擎Impala
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-05 热度：64
副标题#e# 来自标点符的《大数据分析查询引擎Impala》 作者：标点符（钱魏 Way） 链接：http://www.biaodianfu.com/impala.html Impala是Cloudera公司主导开发的新型查询系统，它提供SQL语义，能查询存储在Hadoop的HDFS和HBase中的PB级大数据。已有的Hive系[详细]
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1.大道至简的数据处理工具（Power Query）
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-05 热度：134
? ?如果你不想学复杂的函数，如果不想学更难的VBA。但你想把数据处分分析工作做好。那么，来吧！这套课程将是你最好的选择。远离繁杂，回归简单与智能化。 ? ?先来看看power query 怎么做些什么。先来展示一下效果图。 1.获取文夹下的所有工作簿的数据 2.[详细]
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文本挖掘分析《欢乐颂》到底谁和谁堪称好闺蜜、谁和谁又最为般配
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-05 热度：108
? 听说最近大家都在看《欢乐颂》，这部热剧里，女性可谓是绝对的主角，22楼5个女房客的互动好像把男性角色们的风头都抢光了；但是热门剧中又总是不能缺了言情戏的点缀。所以，《欢乐颂》到底谁和谁堪称好闺蜜、谁和谁又最为般配呢？还是让文本挖掘为你揭晓[详细]
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用户研究基础流程和 SPSS 快速数据处理
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-05 热度：58
副标题#e# 本公众号为阿里巴巴集团 CCOUX 所属，我们会定期为您推送一些用户体验相关的原创以及一些国外文章的翻译，希望您会喜欢并关注我们。请点击上方「37点2度体验」关注我们吧！ 尽管基于在线行为监测的业务数据分析越来越被企业重视，在用户研究领域[详细]
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手慢无｜StuQ邀你免费参加付费小班课大数据分析平台的首节预演
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-05 热度：52
副标题#e# 是的，你没有看错。可以免费观看 StuQ 精品付费小班课预演啦，小编又给大家谋福利了。 什么是『付费小班课预演』 付费小班课：直播辅导教学，1位领域专家与30位学员团结在一起，连续7周，只为一个共同目标，学会一个职业技能。全程使用StuQ视频直[详细]
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为什么在大数据处理中Cassandra与Spark如此受欢迎？
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-05 热度：158
随着现代云应用对正常运行时间及性能水平的要求逐步提高，已经有越来越多用户开始将注意力集中在Apache Cassandra数据库身上。 那么，为什么要选择Apache Cassandra？这套分布式OLTP数据库能够带来高可用性与线性可扩展能力。在说起Cassandra的用途时，我[详细]
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模拟大数运算
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-05 热度：68
1.大数乘法 void multify(const char* a,const char* b){ assert(a != NULLb != NULL); int lena = strlen(a); int lenb = strlen(b); vectorint sum(lena + lenb,0); for (int i = 0; i lena; i++){ for (int j = 0; j lenb; j++){ sum[i + j + 1] += (a[[详细]
